Po niezbyt udanym początku rozgrywek sezonu 94/95 i rezygnacji trenera Krajewskiego funkcję pierwszego szkoleniowca przejął Jerzy Meissner następny z grona wychowanków Franciszka Schicka, były zawodnik „Cartusii” i „Ogniwa” Sopot. Wcześniej od roku 1983 pracował z juniorami wychowując między innymi Tomasza Pytkę, Romana Konkola, Marka Szulca, Michała i Łukasza Jankowskich znanych w regionie piłkarzy.

 „Cartusia” rok 1995. Stoją od lewej J. Meissner - trener, J. Manuszewski - działacz, T. Orczykowski, W. Kruszyński,M. Szulc, S. Nikolay, G. Markowski, R. Gruba, C. Richert, R. Puchalski - gospodarz sekcji. Klęczą: E. Drywa, Z. Gwiździel, T. Pytka, M. Wandtke, S. Skowronek i P. Młyński.

W tym czasie zespół przeżywał kryzys i bronił się przed spadkiem z klasy okręgowej. Trener Meissner prowadził drużynę do końca rundy jesiennej sezonu 1995/96. Do dnia dzisiejszego jest trenerem najmłodszych adeptów piłki, osiągając dobre wyniki w pracy. Jego podopieczni od kilku lat plasują się w czołówce okręgu a wychowankowie Arkadiusz Kordyl i Jakub Hoffman reprezentowali barwy Pomorskiego Związku Piłki Nożnej.

Na początku stycznia 1996 roku został zatrudniony na stanowisku trenera pracownik Studium Wychowania Fizycznego i Sportu Politechniki Gdańskiej Marek Marchlewski. W pierwszym etapie jego pracy głównym zadaniem było utrzymanie zespołu w klasie okręgowej gdyż zespół po rundzie jesiennej zajmował ostatnie miejsce w tabeli. W rundzie wiosennej uzupełniono zespół zawodnikami drużyny uczelnianej PG Maciejem Siewko i Krzysztofem Czerniawskim oraz doświadczonymi znanymi gdyńskimi piłkarzami Januszem Kanabajem (były I ligowy zawodnik „Bałtyku”) i Januszem Szewczykiem (były zawodnik Arki).

Ostatecznie zespół utrzymał się w tej klasie rozgrywkowej.

„Cartusia” rok 1996 przed meczem o PP z „Gedanią”. Stoją od lewej: T. Orczykowski, E. Drywa, W. Roszkowski, J. Szewczy, R. Gruba, J. Kanabaj, M. Pawłowski, S. Nikolay, R. Puchalski, M. Marchlewski. Klęczą od lewej: M. Klaman, S. Skowronek, M. Szulc, C. Richert, M. Siewko, R. Przybyszewski, W. Kruszyński i P. Młyński.

W następnym sezonie 1996/97 drużyna ukończyła rozgrywki na pewnym VIII miejscu. Jesienią 1997 roku na półmetku rozgrywek zespół uplasował się na III miejscu za Unią Tczew i Gedanią Gdańsk.

Wiosna nie była już tak udana. Drużyna plasowała się w końcówce rozgrywek na 7 miejscu i na cztery kolejki przed zakończeniem rundy trenera Marchlewskiego zastąpił pracujący już wcześniej na tym stanowisku Andrzej Klaman. W okresie pracy trenera Marchlewskiego nastąpił dopływ zawodników z poza Kartuz co wpłynęło na zmianę oblicza drużyny i dalszy awans „Cartusii” w hierarchii wybrzeżowego piłkarstwa. Zespół zasilili oprócz wcześniej wymienionych Mirosław Sprenga („Bałtyk” Gdynia), Tomasz Szulgo student UG (wcześniej „Warmia” Olsztyn).

W roku 1997 zespół kartuski kolejny raz gościł w zaprzyjaźnionym Kembergu (Niemcy) gdzie rozegrał mecz z drużyną „Rot-Weiss” zakończony wygraną w stosunku 5:2.

Kemberg 1997 stoją od lewej: K. Komolubi - sekretarz klubu, M. Marchlewski, M. Bobrowska - sponsor, T. Szulgo, M. Pawłowski, W. Roszkowski, S. Skowronek, K. Czerniawski, Ł. Sapała, Z. Kąkol, G. Gołuński - burmistrz, E. Neuman - sponsor, T. Orczykowski. Siedzą: C. Richert, J. Załuski, S. Nikolay, W. Kruszyński, P. Młyński, E. Drywa.

Jak wspomniano już wyżej sezon 1997/98 zespół zakończył sezon z trenerem A. Klamanem wywalczając awans do IV ligi obejmującej swoim zasięgiem nowopowstałe Województwo Pomorskie. W pierwszym sezonie w nowej lidze „Cartusia” zajęła wysokie V miejsce.